南方澳原是平埔族人受漢人壓迫後遷居的漁村，漢人則主要聚居北方澳，日治時開闢南方澳漁港後，吸引許多外地漁民前來捕撈，久之就此落戶，形成移民漁村。

南方澳漁港位於蘇澳國際商港南側，是台灣沿海及近洋漁船的重要基地，可停泊一千餘艘漁船，成為全台三大漁港之一。

南方澳三面環山，一面臨海，有三處漁港，第一個漁港是日治時興建稱「南方澳漁港」，停放中小型漁船，是最熱鬧的街道，岸邊有海鮮店、特產店。
第二個漁港於1955年建港，為舒通第一漁港的擁擠，稱「內埤漁港」，另設有漁市場為海鮮零售市場。
第三個漁港於1965年建港，為大型圍網漁船及遠洋漁船停泊港，以整箱為單位屬大盤交易。